生态环境部土壤生态环境司有关负责人介绍，近年来，我国农村生活污水治理取得积极进展，积累了不少好的经验做法。同时，也存在治理机制不完善、治理重点不突出、治理成效评判标准不科学、治理模式不精准、治理成效不稳固、保障措施不健全等突出问题。总结正反两方面经验，《指导意见》提出，鼓励建立县（市、区）政府主导、法人主体建设运维、部门监管、村民参与的污水治理机制。
其中，鼓励以县级行政区域为单元，推动以专业化市场主体为主具体负责城乡生活污水处理设施建设和运行管理，并逐步将不同时期、不同主体建设的农村生活污水处理设施及收集系统纳入统一运维范围；充分听取农民群众对农村生活污水治理的意愿和需求，积极引导村民以适当方式参与农村生活污水治理相关项目方案设计、过程建设、运行维护和成效监督。
《指导意见》提出，规划要注重农村生活污水治理与村庄规划、全域土地综合整治、农村人口变化、供水、改厕、水系整治等统筹和有效衔接；鼓励有条件的地区推行城乡污水处理统一规划、统一建设、统一运行、统一管理。
如何评判治理成效也是各方广泛关注的问题。《指导意见》提出，农村生活污水治理要确保实现“三基本”：基本看不到污水横流，公共空间基本没有生活污水乱倒乱排现象；基本闻不到臭味，公共空间或房前屋后基本没有黑臭水体、臭水沟、臭水坑等；基本听不到村民怨言，治理成效为多数村民群众认可。
在资金筹措上，《指导意见》提出，进一步明确建立地方为主、中央补助、社会参与的资金筹措机制。建立地方为主、中央补助、社会参与的资金筹措机制，加大对农村生活污水治理的投入力度，积极吸引社会资金参与农村生活污水治理项目。鼓励各省（区、市）设立与治理任务相适宜的农村环境整治专项资金。
同时，鼓励地方充分利用开发性、政策性金融资金，将农村生活污水治理项目与城镇污水处理、城乡供水、产业园开发、乡村旅游、现代农业等项目整体打包，采取城乡统筹，“肥瘦搭配、以丰补歉”方式谋划项目。支持在适宜的地区探索生态环境导向的开发（EOD）模式创新。鼓励县级人民政府将设施运维经费列入财政预算予以保障。
